Penggunaan Aplikasi GDIS Untuk Pembelajaran Kimia

Tutorial Aplikasi GDIS (Graphical Display Interface for Structures)

Salam semangat untuk SOKIM (Sobat Kimia) pembaca setia, Gimana ini kabarnya? Semoga sehat selalu tentunya. Hehehe, masih semangat kan untuk  pembelajaran kimianya. :) :)

Masih banyak aplikasi kimia  berbasis Linux yang dapat kita gunakan untuk pembelajaran kimia, Untuk kesempatan kali ini ada yang tau aplikasi kimia apa yang bisa digunakan lagi untuk mempermudah kita belajar kimia tentunya ?? Hehehe, Yupszzz Aplikasi GDIS

Pada kesempatan yang lalu sempat membahas aplikasi Avogadro dan aplikasi Kalzium, sekarang kita melanjutkan aplikasi lain dari linux. Mari kita kenalan dulu dan membahas Aplikasi Jmol, penulis ingin berbagi sedikit pengetahuan dari pengalaman dan mencari dari sumber bacaan lain.

Aplikasi GDIS (Graphical Display Interface for Structures) adalah program visualisasi ilmiah untuk manipulasi, display, dan analisis molekul terisolasi dan struktur periodik. Hal ini dalam pengembangan, tapi tetap cukup fungsional. Aplikasi ini memiliki fitur sebagai berikut:

Dukungan untuk banyak format file umum (CIF, PDB, XTL, XYZ, dan banyak lagi).

1. Job pengajuan alat untuk paket kimia komputasi: GAMESS, Gulp, ReaxMD, dan SIESTA.
2. Job analisis dan alat grafik untuk simulasi dinamika.
3. Berguna manipulasi alat, termasuk matriks transformasi dan konstruksi supercell.
4. Permukaan yang kuat dan alat generasi kristal morfologi.
5. Pola difraksi generasi dan merencanakan.
6. Animasi multi-frame file.
7. Aneka alat untuk visualisasi (pengukuran, pita, layar polyhedral).

Penasaran dengan aplikais ini ?? ayo kita coba lakukan beberapa langkah penggunaan aplikasi GDIS ini.  Kesempatan kali ini kita mencoba dengan  menggunakan contoh sederhana yakni dengan membuat molekul air (H2O) dengan aplikasi ini. Langkah-langkahnya adalah sebagai berikut :

1.Langkah pertama, bukalah aplikasi GDIS, dengan tampilan yang awal muncul seperti berikut :

2. Untuk memulai membentuk molekul, caranya : Klik ikon “new model” --> pilih model : editing

Hasilnya :

3. Untuk memunculkan, caranya : Pada bagian label ketik nama atom yang akan digunakan-->  klik pada bagian “Add atoms” --> klik pada jendela gambar --> atom akan muncul. Pada penjelasan kali ini kita akan membuat molekul air sehingga kita  akan membuat dua atom H dan sebuah atom O. Maka dihasilkan tampilan sebagai berikut :

4. Untuk membuat ikatan antar atom, caranya : klik “Add bonds” --> klik salah satu atom --> tarik ke atom lainnya --> molekul air terbentuk. Maka dihasilkan tampilan sebagai berikut :

5. Untuk melihat molekul dengan tampilan lain yang kita inginkan, caranya :  memilih Display pada bagian model --> Klik sesuai dengan keinginan maka secara otomatis bentuk molekul akan berubah-ubah sesuai pilihan, seperti pada gambar berikut ini:

Beberapa menu yang terdapat dalam aplikasi GDIS :

1.Tool Measurements

Dengan aplikasi GDIS kita dapat melakukan berbagai pengukuran seperti ikatan, jarak antar atom, serta sudut ikatan dari molekul yang kita buat.

Caranya : klik ikon “measurements” --> Klik pada “tab search” --> pilih parameter apa yang hendak diukur (Bonds, Distances, Intermolecular, Bond Angles, atau Angles) --> klik “search” --> Maka pada “label list” akan muncul nilai nilai dari pengukuran.  Maka akan seperti gambar berikut : 

Hasilnya :

2.Tool Animation

Dengan tool animation ini kita dapat merekam aktifitas kita dalam melakukan pengamatan ataupun membuat suatu molekul bahkan kita juga bisa menyimpannya dalam bentuk gambar dengan format .gif ataupun video. Untuk menggunakannya klik ikon Animation.

Caranya : Klik “tab rendering” --> beri centang bagian “make movie” --> pilih jenis file keluaran dan isikan nama filenya --> close, maka kegiatan anda pada jendela gambar akan terekam.

Selanjutnya untuk memutar kembali hasil kegiatan yang telah dibuat, Caranya : klik kembali ikon Animation --> pada bagian bawah klik play --> kegiatan akan diputar :)

Hanya sedikit dan sederhana tentang cara penggunaan Aplikasi GDIS ini, Untuk hal atau molekul yang lebih rumit perlu latihan dan belajar penggunaan untuk mengasah kemampuan. Seperti itu sedikit pengetahuan tentnag cara menggunakan Aplikais GDIS, Cukup Mudah dan menarik bukan? dan tentunya dapat digunakan dalam mempermudah proses pembelajaran kimia sesuai dengan kebutuhan pengguna Aplikasi GDIS. Dan tentunya aplikais GDIS ini bisa dikembangkan dan diolah sesuai dengan keinginan pengguna aplikais ini.

Semoga bermanfaat kawan  ^_^. Oia jangan lupa komentarnya yah, hehehe. Banyak saran dan kritik itu bagus dan dinanti, tapi saran atau kritik yang membagun dan bahasa yang sopanlah yang lebih baik, ;)

Salam Ilmiah, Salam Semangat :) :D

Oleh SN ^_^