Aplikasi Avogadro Untuk Pembelajaran Kimia Agar Lebih Terlihat Menarik

Tutorial Aplikasi Avogadro
 
Untuk Pembelajaran Kimia  Agar Lebih Terlihat Menari, Kenapa Tidak.........?? :)

Dalam pembelajaran kimia tentu memiliki banyak pendapat dalam mempelajarinya, ada yang menyatakan mudah, cukup mudah, sedang, sulit dan sangat sulit. Terlebih lagi jika pembelajaran itu memerlukan bentuk stuktur molekul dari suatu senyawa kimia, dimana perlu ada bentuk 3D yang dapat memperlihatkan bentuk ikatan, sudut ikatan dan jumlah ikatan. Dalam program linux terdapat berbagai macam aplikasi yang tersedia untuk pembelajaran kimia. Diantaranya ada Avogadro, jmol, kalzium, chemdraw, chesketh, dan lainnya yang masih banyyak lagi

Nahh, pada kesempatan kali ini penulis akan mencoba berbagi ilmu sedikit tentang salah satu aplikasi pembelajaran kimia dalam Linux. Apakah aplikasi tersebut ????

Perahkah kalian mendengar kata Avogadro ? Tentu iya, Eiiitsss tapi disini tidak membicarakan bilangan Avogadro melainkan  kita akan membahas mengenai Aplikasi Avogadro sebagai salah satu aplikasi untuk pembelajaran kimia.

Avogadro adalah software kimia gtratis, open source, tersedia dalam berbagai paltform sistem operasi yang merupakan editor molekul yang dirancang untuk digunakan secara fleksibel dalam kimia komputasi, pemodelan molekul, bioinformatika, ilmu material, dan bidang lainnya yang terkait. Avogadro yangtersedia dapat dijalankan pada sistem windows, Linux, dan Mac OS X. Namun pada kesempatan ini membahas Aplikasi Avogadro berbasis Linux.

Dengan aplikasi ini kita dapat dengan mudah membuat animasi senyawa tertentu seperti yang diinginkan sekaligus melakukan editing dari senyawa yang telah kita rancang.

Lalu apa saja yang dapat dilakukan  dengan Avogadro?

1. Dapat melakukan pengunduhan secara langsung dari PDB (protein data bank) atau PubChem (database dari molekul kimia dan aktivitasnya terhadap uji biologis)
2. Inovatif “auto-optimation”, alat yang memungkinkan untuk terus membangun dan memodifikasi, selama optimasi mekanika molekular.
3. Antarmuka untuk banyak paket komputasi umum.
4. Plugin yang memungkinkan Avogadro untuk diperpanjang dan disesuaikan.
5. Embedded interpreter Python.
6. Terjemahan tersedia dalam 19 bahasa lebih, termasuk antar muka juga sudah bisa berbahasa Indonesia, tersisa hanya beberapa bagian saja yang belum dialih bahasakan.
7. Cross-Platform: Molekul pembangun / editor untuk Windows, Linux, dan Mac OS X.
8. Intuitif: Dibangun untuk dapat digunakan dengan mudah bagi mahasiswa dan peneliti lebih lanjut.
9. Cepat: Mendukung multi-threaded rendering dan komputasi.
10. Extensible: Plugin arsitektur bagi pengembang, termasuk rendering, tool interaktif, perintah, dan skrip Python.
11. Fleksibel: Fitur OpenBable yang dapat digunakan untuk impor file-file kimia lain, input untuk beberapa paket kimia komputasi, kristalografi, dan biomolekul.

Dengan banyaknya hal yang dapat kita lakukan dengan Avogadro, Lalu bagaimana cara menggunakan aplikasi ini? Pengoperasian aplikasi ini dapat dikatakan cukup mudah, dan disini penulis akan menjelaskan langkah demi langkah pengoperasian aplikasi ini.

Pada artikel ini penulis akan membuat bentuk struktur molekul benzena dengan aplikasi avogadro.Untuk memulai aplikasi ini, langkah yang harus dilakukan, yaitu :

1. Langkah awal, bukalah aplikasi Avogadro.  Dimana tampilan awal dari aplikasi ini seperti ditunjukkan pada gambar dibawah ini:
   
   
   
   
   
2. Jika background hitam, kurang menarik, maka kita bisa mengganti warna background tersebut. Caranya : Pilih menu View --> set background color--> pilih warna yang dikehendaki--> ok.Akan muncul tampilan :
   
   
   
    Kesempatan ini penulis memilih warna ungu muda, hasilnya seperti pada gambar dibawah ini: 
   
   
   
   
   
   
   
   
3. Untuk memulai membuat bentuk molekul, Caranya : klik tool settings --> draw tool --> pilih atom penyusun pada element . Misalnya membuat benzena, maka kita pilih element Carbon. Maka muncul tampilan berikut :
   
   
   
   Jika ingin atom penyusun yang lain, caranya : klik element --> other --> pilih atom yang diinginkan. gambarnya seperti berikut :
   
   
4. Langkah selanjutnya adalah, Caranya : beri tanda centang untuk memilih ball and stick pada display types. Terlihat tampilan sebagai berikut :
   
   
   
   Karena penulis ingin membuat molekul Benzena (C6H6). Maka pada draw Settings, saya memilih atom C, kemudian bond Order adalah single untuk ikatan  C2 dengan C3. Kemudian memilih bond order dengan double untuk ikatan C3 dan C4. Gambarnya dapat dilihat dibawah ini : 
   
   
   
   
   
5.  Kemudian pilih bond order dengan double dan single secara bergantian (karena ikatan di C6H6 adalah tunggal dan rangkap dua berseling-seling dan membentuk cincin),  sampai ikatan C6 dan C1. Sehingga diperoleh gambar sebagai berikut :
   
   
   
   
   
6. Karena sudut yang terbentuk pada gambar diatas belum tepat, maka  untuk membentuk struktur molekul yang rapih dan sesuai dengan  sudut ikatan yang tepat. Caranya : klik pada “Auto Optimization Settings tool ”--> klik Start atau pilih menu Extensions --> klik Optimize Geometry. Hasilnya :
   
   
   
   
   
   
7. Kita bisa memodifikasi gambar yang sudah kita buat dengan menggunakan menu tools settings. Misal melihat bentuk molekul dengan adanya gaya Van der Waals, Caranya : beri tanda centang/check pada label yang ada di Display types -->  pilihan “Van der Waals Spheres”, maka adalah tampilannya menjadi seperti pada gambar berikut :
   
   
   
   
   
8. Kemudian untuk memunculkan sudut ikatan, caranya adalah klik Bond centrik manipulation tool, hasilnya seperti pada gambar: 
   
   
   
   
9. Jika kita ingin mengetahui sifat dari molekul yang kita buat, caranya : Klik menu View --> Properties --> Pilih Molecule Properties. Maka akan keluar keterangan seperti pada gambar berikut :
   
   
   Namun padi Properties ini tidak hanya ada sifat molekul, tetapi ada sifat tiap atom penyusun molekul, ikatan yang terjadi, sudut yang terbentuk, dan masih banyak yang lainnya.
10. Kemudian untuk menyimpan, caranya : Klik save tool --> ketik nama file --> pilih tempat penyimpanan --> simpan file dengan format CML (*cml). Dapat terlihat pada gambar berikut :
    
    

Seperti itu cara sedikit pengetahuan tentang cara menggunakan Aplikasi Avogadro, mudah dan menyenangkan bukan ?? dan tentunya dapat dikembangkan sesuai dengan keinginan pengguna aplikasi Avogadro tersebut.  :) :)

Semoga bermanfaat kawan ^_^. Oia jangan lupa komentarnya yah, hehehe. Banyak sara n dan kritik itu bagus dan dinanti, tapi saran atau kritik yang membagun dan bahasa yang sopanlah yang lebih baik, ;)
Salam Ilmiah, Salam Semangat :) :D