Aplikasi Pymol Membuat Semangat Belajar Bentuk Molekuler

Aplikasi Pymol

Salam semangat untuk SOKIM (Sobat Kimia) pembaca setia, Gimana ini kabarnya? Semoga sehat selalu tentunya. Hehehe, masih semangat kan untuk  pembelajaran kimianya. :) :)

Ternyata eh  ternyata sudah ada tiga aplikasi berbasis linux yang sudah penulis posting, Untuk kesempatan kali ini ada yang tau aplikasi kimia apa yang bisa digunakan untuk pembelajaran kimia?? Itu lho aplikasinya terpampang nyata ada dijudul. Hehehe , Yupszzz Aplikasi Pymol

Pada kesempatan yang lalu kita sempat membahas aplikasi Avogadro, Kalzium, dan Jmol sekarang kita melanjutkan aplikasi lain dari linux. Mari kita kenalan dulu dan membahas Aplikasi Pymol, penulis ingin berbagi sedikit pengetahuan dari pengalaman dan mencari dari sumber bacaan lain. Check it out :)

Aplikasi Pymol  merupakan aplikasi salah satu program visualisasi molekuler open source yang cukup powerful saat ini. Program ini dapat ditingkatkan kinerjanya dengan menggunakan bantuan script Python untuk menampilkan efek-efek tertentu. Namun terkadang, ada berbagai fitur yang jarang diketahui pengguna awam, yang dapat digunakan untuk meningkatkan efek suatu hasil visualisasi molekuler agar lebih berkualitas.

Aplikasi Pymol merupakan perangkat lunak yang handal dan serbaguna untuk visualisasi grafis molekular. Program ini dikembangkan menggunakan bahasa pemrograman C dan Python oleh Warren L. DeLano. Program visualisasi ini merupakan program multiplatform yang dapat berjalan pada sistem operasi Unix/Linux, Windows, ataupun Mac-OS dan mudah digunakan karena tampilannya berbasis grafis atau GUI (Grapichal User Interface). Pymol memiliki kemampuan yang sangat baik dalam menciptakan gambar berkualitas dari struktur 3D, memiliki welldeveloped fungsi untuk memanipulasi struktur dan beberapa fungsi dasar untuk menganalisis sifat kimia. Kemungkinan untuk menulis script dan pulgin serta untuk menggabungkan Pymol dalam perangkat lunak khusus dan unggul kebanyakan program.

Studi mengenai kompleksitas struktur makromolekul tidak terlepas dari peran program pemodelan dan visualisasi. Proses visualisasi merupakan salah satu cara untuk memahami lebih mendalam tentang dunia molekular. Saat ini telah banyak perangkat lunak yang dikembangkan untuk keperluan visualisasi struktur ataupun untuk menganalisis hasil simulasi MD mulai dari program yang berbayar sampai program yang bersifat open source atau gratis. Program visualisasi yang saat ini banyak digunakan diantaranya PyMOL (DeLano WL 2002), VMD (Virtual Molecular Dynamics), Rasmol, Jmol, OpenMol, dan Deepviewer.

Mulai penasaran dengan aplikasi Pymol ini, yuk kita coba :). Nih caranya :

1. Langkah awal, bukalah aplikasi Pymol. Dimana akan muncul 2 tampilan yaitu Molecular Graphic System dan Pymol Viewer. Berikut tampilannya :

2. Kita bisa memeulai, Misal kita ingin membuat alanine. Caranya : Klik toolbar build pada Molecular Graphic System --> akan muncul banyak pilihan --> pilih fitur Residue -- > Alanine. Maka akan muncul seperti gambar berikut :

3. Jika kita ingin mengubah-ubah tampilnnya kita bisa memilih fitur-fitur yang ada di sebelah kanan, untuk mengetahui formal charge. Caranya : pilih fitur L-toolbar --> other properties --> formal charge. Maka akan muncul seperti gambar berikut :

4. Jika kita ingin mengetahui Van der Walls radius, caranya :  pilih L-toolbar --> vdw radius. Maka akan muncul seperti gambar berikut :

5. Jika kita ingin mengetahui symbols, Caranya :  pilih L-toolbar --> element symbol. Maka akan muncul seperti gambar berikut :

Jika elemen yang dipilih symbol titik, caranya : pilih S-toolbar --> dots. Maka akan muncul seperti gambar berikut :

6. Jika kita ingin mengetahui mesh dan surface, caranya :  pilih S-toolbar --> mesh dan S-toolbar --> surface. Maka akan muncul seperti gambar berikut :

7. Jika ingin melihat bentuk molekul yang terbentuk, caranya : Klik Get view --> Orient. Maka akan muncul seperti gambar berikut :

Hanya sedikit dan sederhana tentang cara penggunaan Aplikasi Pymol ini, Untuk hal atau molekul yang lebih rumit perlu latihan dan belajar penggunaan untuk mengasah kemampuan serta belajar bahasa pemrograman juga di butuhkan.

Seperti itu sedikit pengetahuan tentnag cara menggunakan Aplikais Pymol, Cukup Mudah dan menyenangkan bukan? dan tentunya dapat digunakan dalam mempermudah proses pembelajaran kimia sesuai dengan kebutuhan pengguna Aplikasi Pymol

Semoga bermanfaat kawan  ^_^. Oia jangan lupa komentarnya yah, hehehe. Banyak saran dan kritik itu bagus dan dinanti, tapi saran atau kritik yang membagun dan bahasa yang sopanlah yang lebih baik, ;)

Salam Ilmiah, Salam Semangat :) :D

Oleh SN ^_^